基于10X genomics平台，一次性能够分离500～10,000个细胞，并能够将分离的单个细胞的微量mRNA通过高效扩增后再进行高通量测序，有效的解决了组织样本无法破解的细胞异质性难题，有助于发现新的细胞类型；并基于大量的单细胞基因表达数据，可进行细胞表达特征聚类、亚群表达特征分析、标志物筛选等方面的研究。
1 单细胞样本检测：
将样本制成单细胞悬浮液，用Countess® II Automated Cell Counter 进行细胞计数和细胞活率测定，细胞活性高于80%，并将细胞浓度调整到理想浓度1000个/μL。
2 文库构建
将制备好的单细胞悬浮液与含有barcode信息的凝胶珠以及酶的混合物结合，然后被位于微流体“双十字”液滴中进行液滴包裹，从而形成GEMs（Gel Bead-In-EMulsions），有效GEMs中，10X Barcode将与cDNA产物连接在一起，后续用于扩增质检。
3 测序分析：
进一步用illunima平台进行测序，获得每个细胞的基因表达数据。
1 细胞分群：
其目的是为了进一步剖析样本的异质性
2 差异表达分析、鉴定亚群特征基因：
为了进一步确认较为理想的分群结果，并确认可能作为亚群的特征基因
3 差异基因功能注释富集分析：
包括GO注释富集分析、KEGG注释富集分析、疾病注释富集分析、转录因子注释、蛋白互作网络
进一步分析了在微环境中此类细胞的丰富度。并详细研究了肿瘤浸润性T淋巴细胞的多样性及其功能状态。
通过对黑色素瘤开展的大规模单细胞转录组测序，系统研究了肿瘤内不同细胞亚群的组成、细胞亚群的功能以及肿瘤的微环境，为精准免疫治疗提供了参考。
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